Предположим вам нужно полностью удалить КриптоПро CSP вместе с плагином, первично вы можете это сделать стандартными средствами через панель управления. 

Но следы установки всё равно останутся, для этого существует утилита CSP Clean которая полностью удаляет  КриптоПро и плагин от неё. Подписи на токенах/реестре/флешке никуда не денутся. Но если вы переживаете просто извлеките устройства перед запуском.

Интерфейса у инструмента нет, есть одно диалоговое окно которое выглядит так:

Запускать инструмент нужно от имени администратора. После нажатия на кнопку “ДА” КриптоПро CSP и плагин от неё будут полностью удалены с устройства. После завершения утилита предложит перезагрузиться, после можно установить КриптоПро CSP по новой.